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Sysmex-Partec流式細(xì)胞儀,你不知道的那些事--系列二:植物C值檢測(cè)

【W(wǎng)hat】

C值是指物種單倍體或配子所含的DNA量,單位為pg(picogram)或Mb(million base pair), 而1pg相當(dāng)于978 Mb。


【W(wǎng)hy】

對(duì)于C值檢測(cè)的意義:

1、與微衛(wèi)星的擴(kuò)增效率相關(guān);

2、作為細(xì)胞核大小、花粉粒直徑等表型的預(yù)示值,  基因組大小與細(xì)胞核大小、花粉直徑等表型性狀成正相關(guān);

3、作為生態(tài)與環(huán)境的預(yù)示值, C值與植物的生活史、地理分布、物候期、單位面積生物量、對(duì)生長(zhǎng)環(huán)境的敏感度(如溫度和濕度的變化)等緊密相關(guān),還能預(yù)測(cè)長(zhǎng)期的變化(諸如全球變暖)所引起的植被改變;

4、利用推斷的C值來(lái)揭示古生物學(xué)的趨勢(shì),例如,  根據(jù)化石細(xì)胞的大小,可以推斷化石的DNA含量。在植物化石中,氣孔保衛(wèi)細(xì)胞的大小也可以用來(lái)估計(jì)DNA含量,進(jìn)而尋求C值的進(jìn)化趨勢(shì);

5、C 值對(duì)物種保育具有重要的意義,大基因組的物種往往存在更大的滅絕風(fēng)險(xiǎn)。


【How】

關(guān)于基因組大小實(shí)驗(yàn)說(shuō)明

1、基因組大小的計(jì)算必須有一個(gè)適合的內(nèi)參,因?yàn)橥鈪?duì)于樣本的精確檢測(cè)提供了過(guò)于大的樣本變化。

2、參照物植物的基因組大小應(yīng)該在待測(cè)樣本的0.7到2.5倍范圍內(nèi),否則樣本的的線(xiàn)性不準(zhǔn)確度會(huì)增加,并且要使用低中高三個(gè)范圍的參照物。

3、已知物種基因組大小的查詢(xún)網(wǎng)址:http://data.kew.org/cvalues/

4、樣本基因組大小=待測(cè)樣本的峰值/參照物的峰值*參照物基因組大?。╬g/Mb)


流式細(xì)胞儀檢測(cè)基因組大小的步驟

1、各取50mg內(nèi)參和待測(cè)植物組織,放入培養(yǎng)皿中

2、加入500ul核裂解液

3、使用鋒利刀片切碎組織,約30—60s

4、室溫條件下孵育2—15min

5、使用CellTrics®過(guò)濾器過(guò)濾樣本

6、加入含有RNA酶的PI染色液,根據(jù)樣本的不同,室溫避光孵育30—60min

7、使用有488nm或者532nm激光光源的流式細(xì)胞儀檢測(cè);

8、計(jì)算基因組大小,流式結(jié)果如下:


Peak

Index

Mean

Area

Area%

CV%

ChiSqu

1

1.000

98.29

1084

77.36

2.45

0.27

2

1.378

135.48

317

22.64

1.61

0.27

公式:樣本基因組大小=135.48/98.29*參照物基因組大?。╬g)

注意事項(xiàng):

1、處理易褐變的材料時(shí),即植物組織含較單寧類(lèi)、多酚類(lèi)次級(jí)代謝產(chǎn)物,可在染色過(guò)程中增加0.5 - 2 % (p/v)PVP-10/20 和/或0.01 % (p/v)的檸檬酸,pH 調(diào)節(jié)到4.5;

2、可使用其他低水平次級(jí)代謝產(chǎn)物的組織(葉柄,、花部、種子等缺乏活力的組織)


常用試劑盒:

貨號(hào)

英文名稱(chēng)

中文名稱(chēng)

測(cè)試數(shù)

05-5022

CyStain® PI Absolute P

PI精確P試劑盒

250 tests

05-5022-S

CyStain® PI Absolute P

PI精確P試劑盒(小)

50 tests

05-5023

CyStain® PI Absolute T

PI精確T試劑盒

250 tests

可供檢測(cè)機(jī)型:

機(jī)型

配置(以下均可配備自動(dòng)進(jìn)樣器)

備注

CyFlow Ploidy Analyser

532nm激光器

適用于PI試劑盒

CyFlow Cube6

488nm激光器

適用于PI試劑盒

CyFlow Cube8

488nm激光器

適用于PI試劑盒

CyFlow Space

488nm或532nm激光器  

適用于PI試劑盒



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